Arnau Estanyol, katalonialainen maaorjan poika, saa alkunsa traagisissa olosuhteissa. Arnaun isä pelastaa poikansa varmalta turmiolta, ja he pakenevat yhdessä Barcelonaan – kaupunkiin, jossa riehuvat sota ja inkvisitio.
Arnau varttuu aikuiseksi mieheksi ja tekee lujasti töitä noustakseen sosiaalisessa hierarkiassa ja saavuttaakseen vapaan miehen aseman. Hänen hurja elämäntarinansa kietoutuu yhteen Santa María del Marin kirkon vuosikymmeniä kestävien rakennustöiden etenemisen kanssa.
Meren katedraali on elävä kuvaus suuruudenajan Barcelonasta, tärkeästä kauppa- ja merenkulkukaupungista, jota leimaavat yhteiskunnalliset vääryydet ja uskonnon järkkymätön valta.
